在夏亚成功引领吉翁公国军赢得一年战争的平行世界里，地球联邦与吉翁之间的力量平衡被彻底颠覆。生活在宇宙殖民卫星的女高中生天手让叶，偶遇难民少女尼娅安后，意外踏入非法的MS对战赛事“军团战”。她操控着最新型的神秘机体“GQuuuuuuX（吉夸克斯）”投身激斗，而同时，被通缉的神秘高达驾驶员修司伊藤也出现在她们的命运轨迹中。少年与少女的相遇，让彼此的梦想开始交织，未删减的激战与抉择中，宇宙世纪悄然翻开全新的一页。《机动战士高达：跨时之战日语》的故事，正由此展开。